Der Interrupt geht Dir ja nicht verloren, er wird nur verzögert.

Sofern Du im Timer Interrupt nur die das Puls-Pause-Verhältnis des PWM Signals veränderst wäre das ja nur dann ein Problem, wenn der Zeitpunkt der Änderung kritisch ist (OK, wenn dauernd kommuniziert wird ist das ein Problem).

Sofern Deine RS232 Messages sehr lange sind, ist eine Möglichkeit das Problem zu entschärfen, die Nachrichten in mehrere kleine aufzuteilen und zwischen den Nachrichten eine kurze Pause von z.B. 10u oder so zu machen, so dass die Timer ISR gestartet werden kann bevor der nächste RS232 Interrupt kommt.