Naja, du sagst ja selbst, es sind Störungen drauf. Ein Watchdog hilft hier nicht, weil dann die Stückzahl vérloren ist, aber ein Optokoppler und ein Kondensator an der richtigen Stelle wird wohl helfen.
Mach mal ein 100nF an den Zähleingang. Teste mal ob es hilft.
Schlosser sind doch inovativ !!!