Also, die Schutzdiode sollte eine Schottkydiode sein. Gängige Typen sind z.B. (mit ansteigender Belastbarkeit): 1N5818, MBR360, MBR745.
Ne 1N5818 sollte hier reichen, die Diode leitet ja nur von Zeit zu Zeit mal kurz den Strom.

Source ist u.a. der Anschluss für die Referenzspannung und gehört an GND. Drain kommt an den Motor, die andere Seite vom Motor an 12V. Gate an den Controller oder was auch immer die PWM erzeugt.
Btw. sollte man bei höheren Frequenzen, spätestens ab 1kHz eine Treiberschaltung dazwischenschalten.