RC5 ist kein problem auch wenn ich nicht verstehe warum Du da mit PWM arbeiten willst. Das IR-Signal muß mit 36kHz Moduliert werden aber das ist kein problem für nen AVR.
Ne einfache IR-LED am Ausgang (mit Vorwiderstand) tuts, besser ist aber die LED über einen Treibertransistor zu steuern weil damit die Sendeleiszung deutlich steigt (höherer LED-Strom).

für RC5 gibts genug fertigen Code im Netz....


MfG