Wenn du sie im "gepulsten" Betrieb verwenden willst, nimmst du am besten ein spezielles IC, z.B. dieses
http://www.elektronikpool.de/Sheets/U2538B.PDF
Die Sendediode muss dann mit einem Oszillator betrieben werden.

Andere Möglichkeit:
Du betreibst die Sendediode mit Gleichstrom oder lässt sie langsam blinken. Dann brauchst du zum Betrieb der Empfangsdiode nur einen Vorwiderstand und evtl. noch einen Pegelwandler um den Empfangspegel an den digitalen Eingang vom Mikrokontroller anzupassen. Als Pegelwandler kannst du einen Transistor oder einen OP-Amp nehmen. Wenn du einen Op-Amp nimmst, würde ich dir den TLC3702 empfehlen. Den Eingangspegel kannst du mit einem Spannungsteiler oder einem Poti festlegen. Der Ausgang bei diesem Op-Amp ist bereits TTL-kompatibel (push/pull-Ausgang) und deshalb ohne weitere Zusatzbeschaltung am µC anschließbar.

Kannst auch mal versuchen, den Empfangspegel mit dem µC (üb. A/D-Wandler) zu messen statt ihn ihn einen digitalen Pegel umzusetzen.