Um nochmal aufs Thema zurück zu kommen:

Ich mach sowas mit Inkscape. Das ist ein kostenloses Vektor-Zeichenprogramm, dass auch PDF's öffnen, importieren und speichern kann.

Funktioniert so:

1.
Mit Eagle jeweils Top- und Bottomlayer einzeln als PDF drucken (Eagle 5.X kann das von sich aus, ansonsten ein Tool, z.B. pdf24 verwenden), TOP Layer Spiegelverkehrt.

2.
Dann Inkscape öffnen. Damit die erstellte PDF (z.B. TOP-Layer) importieren und platzieren. die importierte Grafik kann man dann beliebig oft kopieren.

3.
Das ganze nochmal mit dem anderen Layer.

Kleiner Tipp:
Das aurichten funktioniert am besten über die Koordinaten in der oberen Symbolleiste. Dann muss man nicht ewig mit der maus hin und her schieben - was ziemliches Geduldsspiel ist, bei der geschwindigkeit.. Lässt sich übrigens auch auf cm/mm umstellen.

Leider ist Inkscape etwas lahm bei PDF-Grafiken, aber so kriegt man alle Layer wie man will auf eine Folie, auch mehrere verschiedene Platinen etc.

Gruß Jan