Hallo,
das liegt daran, das die Eingänge an PinX ankommen, und die Ausgänge über PortX angesprochen werden.
Je nach Richtung im DDRx.
Dazu kommt noch, wenn ein Port auf Eingang gestellt ist, kann man per PortX einen Pullup einschalten wenn er auf 1 gesetzt wird.

PS:
ist so von Atmel gebaut worden.