Hallo,
an den Relais A und B sehe ich keine Freilaufdioden; bei nächster Gelegenheit sind die Transistoren 'abgeschossen'.
Warum ist die Eingangsbeschaltung so komplziert mit 2 Transistoren und einem Relais ?
Wenn es galvanisch getrennt sein muß (was es in obiger Schaltung nicht ist), verwende einen Optokoppler.
Sonst reicht ein Widerstand mit Zener-Diode und Kondensator oder ein Transistor mit Basis-Widerstand nach +5 oder +12 und Kontakt nach GND, Emitter an GND und Collektor über einen PullUp an den Eingang des AVR.
47µF sind hinter dem Spannungsregler zu viel; er könnte beim Abschalten zu viel und zu lange Rückspannung bekommen und dadurch kaputt gehen. 10µF Tantal sollte dort hin. Vor dem Spannungsregler empfehle ich Dir den gleichen Tantal.
Unmittelbar am AVR auf kürzestem Wege an die Versorgungs-Pins 10µF Tantal und 100nF KerKo.
Unmittelbar am Ausgang zum Motor würde ich einen 100nF KerKo hinsetzen, damit keine Störungen rein kommen.