wenn die Mega's auf einem Sockel sind, kannst sie ja mal austauschen und schauen, ob das Problem weiterhin besteht. Wenn ja, dann ist wohl etwas am Board nicht korrekt. Dann vielleicht mal alle Leitungen vom ISP zum µC kontrollieren.
Und sollte nach dem Tausch alles wunderbar funktionieren, dann hast wohl wirklich ein Montagsgerät erwischt