Du kannst alle Pins des Ports völlig unabhängig voneinander nutzen.
Wenn Du 3 als ADC konfigurierst, kannst Du die anderen als Ausgang oder Eingang nutzen, ohne dass sie irgendwas mit der ADC-Messung zu tun haben. Und es macht keinen Unterschied, ob Du das beim Mega8 oder Mega128 machst.

Gruß,
askazo