Hallo robocat ,

kannst das ganze ja trivial lösen
Da das RC-Auto eh nur voll vorwaerts oder voll rückwaerts fährt (wie du schrieben hast), dann kannst dir die PWM-Ausgänge sparen und nur ein low oder high setzen.
Dem Bot dann befehlen, was er tun soll.

Danach von dem RC-Empfänger die Ausgänge freilegen (eigentlich braucht man viele Teile von dem Empfänger nicht mehr, da er ja auch eine H-Brücke für die Motoren beinhaltet).
Diese Ausgänge auf einen Transistor (als Basis).
Dieser Transistor schaltet dann zB. einen kleinen Schaltkreis auf Masse (der mit einem I/O vom Atmel verbunden ist) (Widerstand und evtl. Pullup beachten).
Nun noch beide Massen (Atmel und RC-Empfänger) verbinden und fertig.
So ist das ganze sicher "getrennt".

Spannungsversorgung:
Da musst du mal in das Datenblatt schauen (gibt mittlerweile zig untersch. min. Angaben je nach Modell).
Wenn dein Atmel 5V braucht und du für den Empfänger 6V im Auto hast, würde ich einen Spannungsregler benutzen (bei diesen geringen Anforderungen an den Atmel benötigt man nun nicht unbedingt eine exakt gleichbleibende Spannung).
Als Notlösung würden best, auch einige Dioden und ein 100nF (und ein Elko) reichen.