Was möchtest Du denn mit MPLab: debuggen, simmulieren oder nur mit einer erzeugten Hex-Datei den PIC 'brennen' ?
C kann unabhängig von MPLab benutzt werden; nach dem Compilieren und Linken wird eine HEX-Datei erzeugt, die mit MPLab in den PIC übertragen werden kann. Vielleicht hast Du einige Switchs für 'Dein' C in MPLab falsch gesetzt; da kann ich Dir allerdings nicht weiter helfen.
Ich programmiere nur in Assembler und schreibe die Programme getrennt von MPLab. Erst wenn ich debuggen, simmulieren oder brennen möchte, setze ich MPLab ein.