Die Schaltung lässt viel Raum für Spekulationen. Wie sind die Signalleitungen in den Geräten (Empfänger und Servos/Regler) intern beschaltet, ergibt sich da vielleicht ein Massepfad? An Deiner Stelle würde ich den AVR elektrisch zwischen Empfängerausgänge und Servoeingänge schalten, wobei er im Normalfall einfach die Signale repliziert (wenn er das zeitlich nicht ganz sauber schaffen sollte, kannst Du ja immer noch CMOS-Umschalter dazwischen setzen) und vor allem die Versorgungsleitungen schön in Ruhe lassen, eine davon wegzuschalten ohne den Rest der Schaltung im Blick zu haben muss praktisch schief gehen.