Also so geht's auf keinen Fall, was auch immer du da machen willst...

Das SIGNAL bleibt hier ohne Effekt und die Initialisierung der Timer in der Schleife ist nicht der hype.

eher sowas:

Code:
#define led_status  0xFE
unsigned char check = 0xFF;

//led steuerung
SIGNAL(SIG_OVERFLOW1)  
{
	...
}

int main()
{
	...
	TCCR1B = (1<<CS12); 
	TIMSK = (1<<TOIE1);
	PORTB=0xFF;	
	...

	for(;;)
	{
		Input = PINA;

		if(check == led_status )
		{
			...
		}
	}
}