Stell mal den"isolate"-Wert der Massefläche höher ein. Damit regelt man den Abstand der Fläche zu den übrigen Bahnen...

Wieviel Farrad sollen die elkos haben? 470µF oder dicker?
470µ sind gut, 100µ würden aber meist auch schon reichen.

und dann noch einen direkt an VCC / GND und AREF an VCC mit 100n an GND?
einer VCC->GND, einer AVCC->GND, und einer AREF->GND. AREF nicht fest auf VCC legen, das kann man auch per Software erledigen, und man könnte dann auch wahlweise die interne Referenz nutzen.