Hallo!
Hat die Karte denn vorher schonmal funktioniert? Um mit einem Kartenleser etwas lesen zu können brauchst du ein FAT-Format auf der Karte, wenn du einfach Block für Block draufschreibst kommt in Windows nix raus!

Ein Standard 7408 als Levelshifter ist eine gute Idee, laut Datenblatt ist der Typ. Highpegel aber auch nur 3,4V (schlimmstenfalls 2,4V!), da kannst du die Karte gleich direkt an den AVR anschließen (ich nehm an das du die CS, Clk und Din Leitungen über Spannungsteiler angeschlossen hast).
Wenn du nen 74HCT08 nimmst ist das ganze aber in Ordnung.

Ich kann mir nicht vorstellen das es am ISP-Gerät liegt, spiel doch einfach mal die alte Software drauf (wenn's denn eine gibt), vielleicht ist die neue Fehlerhaft!?