Ein defekter Mega128 ist es garantiert nicht, es werden nur geprüfte Bauteile verarbeitet da das Auslöten ja sehr schwierig wäre.
Wenn die ISP Übertragung nicht klappt kann das viele Ursachen haben, oft liegts nur an der Software. Die üblichen Ursachen sind hier aufgelistet:

https://www.roboternetz.de/wissen/in...oard_FAQ-Seite

Sollte alle Gründe nicht helfen, dann kann Dir nur noch bei deiner Restbestückung irgendwi ein Fehler unterlaufen sein - in Ruhe nochmals durchgehen. Das LED flackert deutet zumindest darauf hin das dein ISP offenbar korrekt funktioniert.