dein programm soll auf der hardware laufen, dh entweder du schreibst das programm und baust dann die hardware entsprechend der pinbelegungen aus der software oder du machst es anders herum. wenn dein pic nicht in eine bestehende schaltung eingesetzt werden soll spielt die reihenfolge eigentlich keine rolle.
im moment versuche ich mich gerade mit dem cc5x compiler und bin bisher ganz zufrieden. als anleitung verwende ich oben genannte seite und das handbuch des compilers. mit den anderen compilern habe ich keine erfahrung.
die flash-pics können so oft programmiert werden dass man sich darüber keine gedanken machen muss.