Was passiert denn in den beiden Schleifen? Generell ist ein AVR natürlich kein Parallelrechner, aber ein rudimentäres Multitasking-System ließe sich wohl verwirklichen. Sind in den beiden Schleifen Warteschleifen enthalten? Dann solltest du diese entfernen und stattdessen die Timer nutzen und während der Pausen die zweite Aufgabe erledigen lassen....