Nein muss nicht, das ist alles IM AVR, du musst nix machen, glaub mir, sonst wäre es ja kein Hardware-PWM ( Hardware = Im AVR eingebaut und per Software Kontrollierbar )

Den Code muss man nicht verstehen, weils ja in dem sin keinen gibt, die Befehle dienen nur dazu deine Hardware richtig zu konfigurieren, damit die macht was du willst.