Eine SPS programmiert man definitionsgemäß in einer für die Automatisierungstechnik gebräuchlichen Sprache, die entweder direkt einzugeben ist (IL, SP) oder durch Generatoren aus Diagrammen (Kontaktplan bzw. LD) erzeugt werden, neben anderen Möglichkeiten. Dabei hat man Bedingungen, Timer uvam parallel (quasiparallel genau genommen) zur Verfügung.
Der ATmega ist ein Microcontroller, punkt aus. Natürlich kann man mit dem auch etwas steuern, wenn man Aktoren und ggf Sensoren anschliesst, und programmieren kann man den auch in verschiedenen Sprachen. Nur im Gegensatz zur SPS läuft auf dem frisch gekauften ATmega noch keine Software, die Dein Programm interpretiert, sondern Du musst das Programm von Grund auf selbst bereitstellen. Timer? Ja klar, kannst Du Dir programmieren. Parallelität? Genauso wie bei einer SPS: quasiparallel, aber nicht "ab Werk", dafür musst Du durch Interrupts und/oder Zeitsteuerung (Multi-Tasking) selbst sorgen.
Ein Microcontroller ist also keine SPS und eine SPS ist kein Microcontroller.
Ob Du das Eine durch das Andere in Deiner Anwendung ersetzten kannst und willst, musst Du selbst entscheiden.