Also, mit php sollte es schon klappen.
Die Startseite einfach in zwei frames aufteilen.
In einem Frame liegen die Bedienelemente und im anderen wird das cgi bzw. php script ausgeführt. Hat dieser zweite Frame eine Höhe von 0, wirst Du auch kein Nachladen bemerken. Ok. In der Statusbar des Browsers. Ich nutze solche "unsichtbaren" Frames um in recht schneller Folge vom Browser aus zu prüfen, ob auf dem Server neue Daten vorliegen. Und nur dann wird der Hauptframe aktualisiert.
Sollten Dir Frames nicht gefallen, weil mal jemand sagte, das sei "unsauber", nimm halt iframes. Das sollte genauso klappen.
Und mit php könntest Du via fopen und fwrite zumindest unter Linux auch gleich was über den seriellen Port ausgeben.

Gruß Klaus