Hallo Manu99999999,
wenn Du die 5V per Regler aus den 9V entnimmst, dann hast Du eine Verlustleistung am Regler von 9V - 5V = 4V * Strom.
Bei einem 'normalen' Regler mußt Du 'hinten' 3V mehr rein geben, wie 'vorne' rauskommen. Wenn Deine 9V Batterie bei Belastung oder Anlaufströmen unter 8V kommt, wird es für die 5V zum Controller eng.
Wenn Du Controller und Motoren separat versorgt, ist die Verlustleistung nicht da und die 9V-Batterie kannst Du komplett 'leer' fahren (einen Akku aber bitte nicht, der mag keine Tiefentladungen).