Hallo!
Ich kenn mich mit FPGAs zwar nur wenig aus, aber der Unterschied wird im wesentlichen darin liegen das du in den Flash FPGA dein Programm nur einmal laden musst und es nicht verloren geht wenn der Strom ausfällt.

Zum Rest kann ich nicht viel sagen, wird aber wohl von Modell zu Modell verschieden sein.