Na dann wolln mer ma:

- Die Kondensatoren am uC musst Du wie ogni sagt ändern, da habe ich gar nicht hingeguckt.
- Der uC muss AVcc=Vcc haben, zumindest in engen Grenzen. Wenn Du den internen ADC benutzt gelten die gleichen Regeln wie für jeden ADC: saubere Masseführung, Versorgung filtern (dazu die 10uH-Drossel), Keramikkondensatoren usw.
- Schutzwiderstand gerade in die AIN1-Leitung, die hüpft durch Widerstand und vor allem Induktivität der Masseleitung von der Stromquelle zum Shunt genau so durch die Gegend wie das andere Shunt-Ende.
- Die OP-Schaltung für die Drehzahlmesser ist korrekt, kann so gemacht werden. Die invertierenden Eingänge bekommen über den Tiefpass 47k/100n den Mittelwert der Impulsspannung, der andere Eingang die leicht gefilterten (47k/1n) Impulse zu sehen. Kein Grund, warum das nicht funktionieren sollte.