Also in C geht ja bekanntlich alles

Aber ich verstehe nicht, was du machen willst bzw. wo es hakt. Willst du die (Start-) Werte in deinem Quellcode schon hinschreiben?

Nehmen wir mal an du hast ein Datum foo vom Typ foo_t definiert, der deine Werte beinhaltet und ins EEPROM lokatiert ist:

Code:
#define EEMEM __attribute__((section(".eeprom")))

typedef {...} foo_t;

const foo_t foo EEMEM = 
{
   .wert1 = VAL1,
   .wert2 = VAL2
};
Dann wird beim Flashen die Struktur im EEPROM initialisiert. Ohne Initializer sind alle Werte auf 0.

Wo hakt's denn dabei?