Naja, die von mfile generierten Makefiles sind IMHO auch der Horror.

Bei WinAVR sind kleine Beispielprojekte dabei im Verzeichnis examples, inclusive *etwas* überschaubarer Makefiles. Wenn du dir einen Gefallen tust, nimmst du ein solches und passt die paar wenigen Stellen an. Ist echt nicht viel.

Möglicherweise wird dein make auch vom falschen Verzeichnis aus gestartet?