Wenn Du Nur einen Mega mit ISP Programmierst und ein anderer (weil nicht im Reset und ggfs. aber mit Spannung versorgt) als SPI Master arbeitet, treibt er seinen MOSI Ausgang und der ISP Programmer (weil der sich für den Master hält) ebenfalls. Damit treiben die beiden Ausgänge gegeneinander, was u.U. zu einem defekten MOSI Pin am AVR oder am ISP Programmer sorgen kann.