Um Programme zu übertragen brauchst du in der Regel das ISP-Kabel.
Die Software heißt WIN-AVR.

Man kann auch mit dem RS232 Programme überspielen, doch das erfordert ein Bootloader (der zuvor per ISP-Kabel übertragen wurde) der die Dateien die ankommen in den Mega packt. Der Bootloader wird beim Start der Controllers durchlaufen. Dies ermöglicht z.B. beim Asuro die Übertragung der Programme via IR.