Du musst einen der (beim atmega16) insgesamt 4 Interrupteingänge verwenden. INT0, INT1, INT2 oder den Input Capture Pin (ICP1).
Du kannst z.B. einstellen, dass bei einem Flankenwechsel ein Interrupt ausgelöst wird.
Die Zeit zwischen den Interrupts musst du dann selbst zur Berechnung verwenden!