Mega168 kannst Du mit Pony als Mega16 Programmieren, musst nur bei den Fusebits aufpassen. hat sich bei mir mit SIProg Interface schon lange bewährt.

Ansonsten versuch mal das STK200 im AVRStudio als Programmierhardware auszuwählen. Vielleicht klappt's damit, sollte aber im Manual des Programmierdongles beschrieben sein.