Der AVR besitzt eine sog. Harvard Architektur: Programm und Datenspeicher sind getrennt (FLASH - RAM). Das EEPROM ist ein weiterer Datenspeicher. Programmcode kann nur aus dem Programmspeicher (FLASH) heraus ausgeführt werden.

Wenn Du also ein Programm im EEPROM ablegst, müssen die einzelnen Operationen erst in den Flash-Speicher geladen (geflasht) werden.