Mit Timer1 in phasen- und frequenz-korrekter PWM mit einer Frequenz von 40kHz hat man 50 Schritte für den Duty, kann den also in 2%-Schritten anpassen.

Mie weniger strikten einstellungen einer 16-Bit-PWM (phasen- oder frequenz-korrekt) hat man 100 Inkremente, also eine Auflösung des Duty von 1%.

Eine Software-PWM von 40kHz halte ich für unrealistisch. Man hat eine Mindest-IRQ-Last von 80kHz. Bei deinerer Duty unterteilung als 50% entsprechend mehr. Bei äqidistanten Timer-IRQs -- also ohne bei jedem IRQ den Timer neu zu konfigurieren -- hast du eine IRQ-Last von f*(duty-1), wobei
f = Soft-PWM-Frequenz
duty = Anzahl Schritte, die der Duty annehen kann (Rasterung)

Soll der Duty dann in 11 Schritten einstellbar sein (also 0%, 10%...100%) wäre das eine IRQ-Last von 400kHz.