Es gibt bei einigen AtMegas die Möglichkeit, den Timer nur bis zu einem bestimmten Wert laufen zu lassen, d.h. statt bis 256 beispielsweise nur bis 100. Da der Timer immer noch mit der gleichen Geschwindigkeit zählt, wird die Frequenz dann größer, in diesem Fall müssten 40kHz rauskommen. (Fast-PWM angenommen).
Näheres dazu steht im Datenblatt.