Wie egsagt, der ATmega8515 ist möglicherweise gefrittet......wobei

Der RESET sollte, da er die Spannung für nen HV aufnimmt, bis über 10V vertragen.

Deine Z-Dioden kappen auf ca. 5.6V. Die verbleibenden paar mV fallen über R3 und R4 und die Clamp-Dioden der Ports nach VCC ab.

Wenn RESET 7V gesehen hat und T1 offen war, ist T1 vielleicht gegrillt?

/dev/ttyS0 stimmt auch? Ich hab da keine Ahnung, ab man HW-Flusskontrolle da abstellen muss und wie das geht...

Versuch mal 100pF an den Signalen oder versuch mal ohne die 560pF.