Am Makefile musst du nix ändern. Du lässt ja nicht GCC (bzw ld) die Lokatierung der EEPROM-Daten übernehmen, sondern suchst dir die Adressen selbst aus. Du speicherst also das Word nicht ab 0x0, sondern ab 0x1 und die erste Messung ab 0x3. That's it.

Das mit dem Rumgecaste hab ich nur gesagt, weil der Code so aussieht als wär die nicht klar, was du da eigentlich treibst... Geht aber schon so wie es da steht.

sizeof frisst beides. Sei mutig und probier's aus, oder steuert dein Prog nen Atommeiler?