Zu den Fuses:
Hast Du das AVR-Studio? Dort klickst Du in der Symbolleiste auf den kleinen IC, wo AVR draufsteht. Von dort aus kannst Du auch flashen.
Wenn Du auf die Registerkarte 'Fuses' klickst, siehst Du alle Einstellungen der Fusebits und kannst sie dort auch ändern.

Schalte mal die oberste Fuse aus (AT90S4434/8535 compatibility mode).
Vielleicht macht das Ärger.

Gruß,
askazo