Hast Du PD2 oder PD3 frei?
Ich seche das so,
Externen Interrupt bei steigender Flanke.
In der ISR den Intrrupt auf falende Flanke umschalten und Timer starten.
Jetzt braucht Du nur abzuwarten ob, der Timer abgelaufen , oder der extene Interrupt erneut ausgelöst worden ist.
Wenn Timer abgelaufen, dann war er Pegel 3 sekunden lang high, wenn erneut Ext. Interrupt kam, war er keine 3 Sekunden lang.
Ich hoffe, daß der Ansatz richtig ist...

Gruß Sebasian