Hi,
nö, der Bootloader ersetzt dir nur den Programmer.
Statt über die MISO / MOSI etc. geht das dann seriell.

Das hat mit dem eigentlichen Controllerprogramm nix zu tun.
Der Bootloader übernimmt nur die Daten vom PC und speichert sie in den Flash.

Du lädst den Bootloader also erst mal mit deinem normalen Programmer in den Controller.
Ab dann kannst du den Controller mittels eines PC Programms über die serielle Schnittstelle flashen.

Bootloader kannst du dir selber programmieren, oder du benutzt einen fertigen, zB. "Megaload", den gibt's hier:

www.microsyl.com

Gruß
Christopher