Dir ist hoffentlich klar, dass die LEDs unter Umständen mit sehr unterschiedlicher Helligkeit leuchten werden?

Da LEDs durch den Herstellungsprozess bedingt bei einer Spannung U einen Strom I +/- deltaI durchlassen und die Helligkeit nur vom Strom abhängt ist es normalerweise erforderlich, jede LED mit demselben Strom anzusteuern um dieselbe Helligkeit zu bekommen.

Alternative: x-LEDs (z.B. 6*5) in Reihe schalten und mit einer höheren Spannung betreiben, pro Strang dann eine eigene Stromquelle, die über eine PWM angesteuert wird.

Da Du PWM verwenden willst, tut's ein FET mit Vorwiderstand, so dass bei 5V Steuerspannung nicht mehr als 20mA fliessen können (schont die Ports des AVR).