Beide Eingänge gleichzeitig abfragen ist nicht möglich.
Du musst den ersten Eingang einlesen, den Multiplexer umschalten und dann den zweiten Wert einlesen.

Die Initialisierung ist ja schon so weit ok.
In Deiner ADC-Einlese-Funktion musst Du dann
- Auf ADIF warten
- Ergebnis aus ADCL/ADCH in eine Variable schreiben
- Im ADMUX-Register den Kanal wechseln
- Wieder auf ADIF warten
- Ergebnis in eine zweite Variable schreiben
- Wieder auf den Ursprungs-Kanal schalten.

Gruß,
askazo