Ist der AVR nur Slave oder auch Master? Im zweiten Falls kannst du irgend nen Port hernehmen als SS.
Falls er Slave sein soll, müsstest du die SS-Leitung z.B. an extern INT legen und von Hand umschalten, wenn was ankommt.

Weitere Lösung wäre ne Soft-PWM, noch aufwändiger wäre den SPI-Slave in Software zu machen. Dann hättest du 3 PWM-Kanäle frei, abe das ist natürlich Programmierarbeit.