Du kannst ein Register inkrementieren, wenn ein Impuls von Motor 1 kommt, dekrementieren, wenn ein Impuls von Motor 2 kommt. Im Register steht dann immer die Differenz der Umdrehungen der Motoren.
Die Steuerspannung von Motor 2 wählt man im einfachsten Fall proportional zum Wert im Register (typischerweise über PWM).