der schaltplan sieht doch ganz gut aus. ich würd nur nicht alle i/os auf einen stecker bringen sondern nach ports trennen. ansonsten... siehts gut aus. an pin 3 der isp-buchse auf dem board könntest du über nen widerstand noch ne led gegen masse hängen. die leuchtet dann wenn der progger gerade proggt. ist aber nebensache. und wegen dem progger-problem (oberes bild): nimm doch einfach den schaltplan den ich dir gegeben hab. da taucht 4x vcc auf. erklärung von links:

beim ersten geht einfach MISO auf vcc über nen widerstand (pullup). beim zweiten geht pin 2 der buchse über ne diode auf vcc. das dritte da besagt: der ic, der in der schaltung sitzt wird mit masse und vcc versorgt. das vierte bedeutet: zwischen gnd und vcc der platine ist nen kondensator. vcc kommt ja von deinem atmega-board. und gnd auch. kommt also beides von der isp-buchse. nur wichtig ist dass gnd des atmega-boards und des parallelports verbunden ist. sonst funktioniert das nicht. schau dir doch auf der seite vom progger die ich dir verlinkt hab mal das layout an. (musst du da downloaden). dann erklärt sich das alles schon von selber.