Mach mal den letzten Befehl beim encode auf 0.

und warum setzt du den jeweligen port erst auf 0 und dann auf 1.
Dann würden die LEds ja die ganze zeit an sein und ausgehen wenn das signal anliegt?
Und sieht man die 5ms überhaupt?

EDIT: Wenn ich das richtig verstanden habe hält das programm solange sich den encoder nicht dreht wenn der letzte Wert auf 1 ist.