Diese "zufällige" Belegung ist der Standard, den ATMEL vorgibt. Der neue ISP mkII von Atmel hat nur noch diesen Stecker. Der andere nennt sich "Kanda"-Stecker (wobei nur dessen Belegung gemeint ist) und stammt IIRC vom STK200.

Attached die Appnote 910 von Atmel, da ist die Steckerbelegung beschrieben.