Die UART-Pins werden automatisch bei Verwendung des UART so eingestellt wie gebraucht, und sind nicht mehr für "normale" I/O verwendbar.

OCR1A und OCR1B sind 16-bit-Register, die auch so gesetzt werden können:
OCR1A = var_a;

Wie die PWM-Pins wackeln, ist abhängig vom PWM-Modus und den Einstellungen COM1Ax und COM1Bx im TCCR1A.

Dein PWM-Mode ist #1, also ist TOP=255 und sinnvolle Werte für OCR1B/B sind 0...255. Welchem Duty das entspricht, ist von COM1xy Konfiguration abhängig. In deinem Fall ist das Tastverhältnis OCR1A/255, also in 256 Schritten von 0% bis 100% einstellbar. Mit OCR1A = 0x80 (0der 0x7f?) bekommst du 50%.

Zu bedenken ist noch, daß zwar die Intensität einer LED linear mit dem Tastverhältnis geht, der Helligkeitseindruck jedoch nicht.


Port D4 und D4 werden als OUT geschaltet:

DDRD |= (1 << PD4);
DDRD |= (1 << PD5);