Die PWM generierst du für jede Kathode (die Anoden liegen zusammen). Dabei werden die Widerstände so eingeregelt, daß wenn an den Ports konstant 0 liegt und die LEDs alle an sind, Weiß herauskommt. Vom Farbeindruck ist das nicht ganz einfach, weil die Einzel-Chips nicht an der gleichen Stelle liegen.

Zusätzlich muss beachtet werden, daß die µC-Port nur bis 20mA spezifiziert sind. Bei zwei blauen LEDs müssel also evtl 2 Ports herhalten. Aber für die Farbe reicht aus, wenn die LEDs mit weniger Strom angesteuert werden, weil die meist sehr hell/effizient sind.

PWM-Kanäle hast du genug: OC1A, OC1B und OC2. Oder Soft-PWM, dafür ist ein ATmega16 fix genug. 50kHz sind da kein Problem (entsprechend effiziente Programmierung vorausgesetzt).