Du scheinst im Bereich Elektronik noch recht neu zu sein, da ist es natürlich nicht ganz einfach gleich mit einem so großen Projekt anzufangen. Gewöhnlich würde ich immer erst mit Elektronikbuch , Messgerät und ein paar kleineren Schaltungen (Multivibrator, LED-Blinken) beginnen. Wenn man schnell in den Controllerbereich vordringen will, würde ich als erstes eigentlich immer Fertigboard emfehlen, das ist deutlich sicherer. Aber das predige ich ja immer wieder.

Es wäre äußerst mühseelig nun jeden Schritt, um den Fehler zu finden, hier im Forum aufzulisten. Geht auch nicht so einfach. Oft findet sich auch keinen der die Arbeit machen möchte, was verständlich ist. Es gibt aber hier im Unterforum schon mehrere Threads wo User ähnliche Probleme hatten und dann mit Messgerät auf die Fehlersuche gingen. Da gibt auch recht gute Tips einiger User, am besten mal alles durchforsten und viel lesen.

Natürlich können die LED´s nicht mehr blinken wenn du nun ein anderes Programm drauf lädst. Du löschst ja dadurch das Blink-Programm.
Wie Picknick schon sagt, irgendwo müssen bei dir die Pegel am Potortreiber nicht stimmen.
Am besten mal alle Pegel an den einzelnen PIN´s am L298 messen. Möglichst dann wenn das Testprogramm läuft und den Motor eingeschaltet hat. Du musst erstmal rausbekommen welche Pegel nicht stimmen. Danach muss man suchen warum die nicht stimmen.

Dabei geht man mit dem schwarzen Kabel auf GND und mit dem roten Kabel die einzelnen PIN´s durch. Dabei muss man aber drauf achten das man nicht versehendlich zwei PIN´s mit der Prüfleitung überbrückt, das kann sonst wieder einiges zerstören.
Achte auch drauf das du richtigen Messbereich nutzt. An einem Pin muss die volle Batteriespannung anliegen, ansonsten nur 0 oder 5V.

Ideal wäre es natürlich wenn Du dir Schaltplan ausdrucken und versuchen würdest diesen zu verstehen. Das würde die Fehlersuche erheblich vereinfachen.

Gruß Frank