Zu Frage 1)
Die Eingänge "flackern", weil sie in der Luft hängen, also einen undefinierten Zustand haben. Wenn Du alle ADC-Eingänge mit einem hochohmigen Widerstand mit Vref verbindest, sollte das Problem behoben sein. Allerdings solltest Du dann das Poti kleiner wählen, da Du sonst einen zu hohen Spannungsabfall am Poti hast. Ich würde maximal 1k nehmen.

Zu Frage 2)
Mit einem NE555 kannst Du Dir sehr leicht einen PWM-Generator aufbauen. Einen Schaltplan dazu findest Du unter http://www.atx-netzteil.de/pwm_mit_ne555.htm

Gruß,
askazo